Open Source Projekte sind entgegen oft verbreiteter Meinung nicht chaotisch organisiert sondern meist sogar hierarchisch strukturiert. Es gibt einen so genannten Maintainer, der das gesamte Projekt koordiniert und sich dafür verantwortlich fühlt. Meist ist das der Gründer des Projektes oder aber derjenige, der am meisten zum Projekt beiträgt. Bei komplexerer Software kann es für verschiedene Teilbereiche eigenständige Verantwortliche geben, so zum Beispiel zur Koordination der Übersetzungen oder der Dokumentation. Die Hierarchie insgesamt ist aber nur sehr flach. Wie z.B. beim KDE-Projekt muss es auch keinen übergeordneten Maintainer geben. Dann wird eine Person für einen befristeten Zeitraum bestimmt, die sich um die Abwicklung von Releases (Veröffentlichung von Meilensteinen) und die Einhaltung von selbst gesteckten Zeitplänen kümmert.
Das Internet ist von überlebenswichtiger Bedeutung für Open Source Projekte. Die Mitarbeiter sind global verteilt. Die Kommunikation untereinander (Email), der Vertrieb der Software (FTP-Server) und das Marketing (Website) funktionieren nur durch das Internet so direkt, global und kostengünstig wie es für diese Projekte notwendig ist.
Diskussionen werden auf technischer Ebene geführt. Es wird versucht immer die beste Lösung zu implementieren. Persönliche Anfeindungen und ``Ego-Trips'' sind verpönt und allgemein der beste Weg seine Reputation in der Gruppe zu verlieren. Man konzentriert sich auf die Überlegenheit des ``Produktes'' und muss sich nicht um davon ablenkende Ziele, wie z.B. time-to-market, Verdrängung der Konkurrenz oder reine Marketing-Gags wie sie in Unternehmen eine Rolle spielen, kümmern. Im Gegenzug kann ein Open Source Projekt an sich keine Garantien bzgl. von Release-Zeiten, Bugfixes oder Supportanfragen bieten. Hier gibt es jedoch inzwischen auch Unternehmen, die kommerziellen Support für Open Source Software anbieten.
Bei größeren Projekten wird oft ein Verein gegründet, der eine rechtliche Dachorganisation bildet (z.B. der KDE e.V.).